На 21 януари 1945 година Софийският митриполит Стефан е избран за български екзарх, а на 22 февруари същата година е вдигната схизмата на Българската православна църква.
Екзарх Стефан се противопоставя на участието на свещениците в политическия живот. Поради откритото му несъгласие с политиката на комунистическата власт в НРБ, на 6 септември 1948 година, екзарх Стефан е принуден да подаде оставка като български екзарх.
На 24 ноември 1948 г. той е интерниран в село Баня, Карловско, където умира през 1957 г. Погребан е в катедралната църква „Успение Богородично“ на Бачковския манастир.
Екзарх Стефан е автор на множество слова и богословски трудове. Интересът към живота и делото му започва да се възражда през 90-те години на 20 век в резултат на започналите в България демократични промени. Появяват се първите публикации за неговата личност в масовия печат, а по-късно и в сериозни научни изследвания. През 1998 г. е отбелязана 120-та годишнина от рождението му.
Името на екзарх Стефан I нашумя във връзка с честванията по повод спасяването на българските евреи по време на Втората световна война. На своя сесия, проведена на 19 ноември 2001 г., израелският мемориален институт “Яд Вашем” го удостоява с почетна грамота, медал и званието “Праведник на света” за неговия принос за спасяването на българските евреи през 1943 г. “Името му ще бъде вписано завинаги върху Почетната стена в Алеята на праведните’ – се казва в грамотата, издадена на 12 март 2002 г.